If I run skypeforlinux on openbox or lxde I get some crappy tray icon:

But if I run env XDG_CURRENT_DESKTOP=Unity skypeforlinux everything works fine.

Решил поглядеть на Ubuntu 12.04, чтобы в очередной раз пересилить себя и попытаться "подружиться" с жутко непривычным мне интерфейсом Unity.
При запуске скайпа обнаружил отсутствие значка в трее.
Гугление нашло кучу разных способов изготовления костылей, я выбрал самый простой и не ошибся.
Просто открыл терминал и выполнил следующую команду:
gsettings set com.canonical.Unity.Panel systray-whitelist "['all']"